Berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Miftahul Ulum Lumajang yang selanjutnya disingkat dengan STAIM Lumajang tidak bisa dilepaskan dari keberadaan Pondok Pesantren Miftahul Ulum Banyuputih Kidul Jatiroto Lumajang yang berada dibawah naungan Yayasan Miftahul Ulum. Kehadiran STAIM Lumajang merupakan jawaban KH. Mohammad Husni Zuhri, Ketua Pembina Yayasan sekaligus Pengasuh Pondok Banyuputih Kidul atas permintaan dan harapan wali santri, alumni dan masyarakat agar Pondok Banyuputih Kidul mengembangkan pelayanan pendidikan tinggi. Hal itu sangat beralasan, disamping peran dan partisipasi aktif lulusan Pondok Pesantren dibutuhkan dalam segala bidang ketika sudah lulus (boyong; red), juga banyaknya lulusan siswa yang tidak menemukan ruang distribusi pendidikan formal lanjutan pasca menamatkan pendidikan tingkat SLTA/Sederajat. Untuk melanjutkan pendidikan diluar area Pondok Pesantren, banyak wali santri yang merasa khawatir dengan aneka ragam tantangan dunia luar pondok terutama maraknya dekadensi moral yang dihadapi kalangan remaja.

Harapan dan permintaan tersebut tidak begitu saja di-iyakan oleh KH. Husni Zuhri. Selain meminta pertimbangan, saran, masukan dan gagasan dari para tokoh alumni, beliau juga melakukan istikhoroh, meminta petunjuk kepada Allah SWT. Barulah setelah melalui berbagai pertimbangan, tahapan melengkapi administrasi dan perjuangan, akhirnya pada tanggal 21 Pebruari 2013 STIS Miftahul Ulum Lumajang berdiri dan mendapatkan ijin operasional dari Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementrian Agama Republik Indonesia nomor 380 Tahun 2013 dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah Miftahul Ulum Lumajang dan dua program studi, Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan Hukum Keluarga Islam (HKI). Untuk pertama kali berdiri, Drs. KH. M. Hisyam diangkat menjadi ketua STIS Miftahul Ulum Lumajang.

Dalam perkembangan berikutnya, karena mendapatkan banyak atensi, kepercayaan dari masyarakat dan permintaan pengembangan layanan program studi ke-ilmuan, maka pada tahun 2022, STAIM Lumajang mendapatkan kepercayaan dari Kementerian Agama Republik Indonesia untuk mengembangkan 4 (empat) program studi. Pertama Tarbiyah dengan program studi Pendidikan Agama Islam (PAI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA), Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI). Kedua Syariah dengan program studi Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan Hukum Keluarga Islam. Ketiga Ushuluddin dengan program studi Ilmu Al- Qur’an dan Tafsir (IAT). Mempertimbangkan perkembangan program studi yang diamanahkan Kementerian Agama tidak hanya satu rumpun ke-ilmuan, maka diperlukan wadah kelembagaan yang bisa menaungi semua program studi ke-ilmuan, karenanya secara resmi STIS bertransformasi menjadi STAI bersamaan dengan diserahkannya Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 1476 Tahun 2022 tentang Izin Perubahan Bentuk STIS Miftahul Ulum Lumajang menjadi STAI Miftahul Ulum Lumajang oleh Prof. Ahmad Zainul Hamdi, Direktur Pendidikan Tinggi Kementerian Agama Republik Indonesia pada saat prosesi wisuda ke-4.

STAIM Lumajang memiliki 7 (tujuh) program studi yang terhimpun dalam 3 (tiga) rumpun ke- ilmuan. Pertama Pendidikan (Tarbiyah) memiliki 4 (empat) program studi, yaitu Manajemen Pendidikan Islam (MPI), Pendidikan Agama Islam (PAI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA), Pendidikan Guru Madrasah Ibtida’iyah (PGMI).Kedua Syariah memiliki 2 (dua) program studi, yaitu Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan Hukum Keluarga Islam (HKI). Ketiga Ushuluddin memiliki 1 (satu) program studi Ilmu Al- Qur’an dan Tafsir (IAT).

Visi besar STAIM Lumajang periode 2022-2025 adalah menjadi pusat kajian dan pengembangan ilmu ke-Islaman multidisipliner yang unggul dan kompetitif yang didasari nilai- nilai pondok pesantren dan islam ahlussunnah wal jamaah. Tentunya, perumusan visi, misi, tujuan dan strategi tidak terlepas dari pelibatan banyak pihak yang memberi masukan, gagasan dan ide sehingga gagasan besar masa depan STAIM dapat dirumuskan dengan tetap berpijak pada nilai-nilai pondok pesantren sebagai pondasi dalam berkompetisi baik di level nasional maupun internasional.